El Loroco (Fernaldia pandurata (A. DC.) Woodson) es una planta Mesoamericana que tiene valor alimenticio en Guatemala y El Salvador como un ingrediente en los platillos tradicionales de estos dos países. Es una planta que generalmente crece de forma libre en ecosistemas terrestres por debajo de los 1000 m s. n. m. y se puede encontrar también en ambientes antropizados como cercos y huertos familiares en donde sus hojas y flores son utilizadas en la cocina tradicional por sus propiedades aromáticas que le proporcionan sabor a la comida. En el presente estudio nosotros evaluamos la diversidad genética mediante el uso de RAPD y microsatélites de plantas provenientes de plantaciones y vida silvestre. El índice de diversidad de Shannon muestran una baja diversidad genética dentro de las poblaciones (0.18) frente una alta diversidad genética (Gst=0.82). Así mismo, el dendrograma muestra que con los marcadores moleculares utilizados no es posible apreciar diferenciación genética entre las plantas cultivadas y las de vida silvestre por el bajo período de domesticación que poseen y el flujo genético entre ambas poblaciones. Estos datos son congruentes con los datos del análisis de variabilidad morfológica realizado en hojas y flores. Así mismo, el análisis morfométrico de las hojas y flores no muestran segregación espacial sobre las formas de estos órganos.